Откако во 1992 се формира ВИП СУПЕР ЛИГА, Пелистер стана најуспешен клуб освојувајќи пет титули од вкупно осум одиграни сезони. Исто така, во тој период освои и четири трофеи на националниот куп, 1994, 1996, 1998. и 1999. година. Пелистер во сезоната 1995/96. стигна до полуфинале во Европскиот куп на победници, каде за противник го има германскиот Лемго. Во првиот меч на гости Пелистер е поразен со 25:23, но во реваншот победата од 24:23 не била доволна, па Лемго отиде понатаму и на крајот го освои трофејот.

Најголемиот успех во европските натпреварувања е остварен во сезоната 2001/02, кога Пелистер играше во финале  ЕХФ Челенџ Куп. 

Во низа паѓаа рускиот Зилант Казан, францускиот Парис Сен Жермен, грчкиот ГАЦ Кукуш и на крајот во полуфинале данскиот Фредериксберг после седмерци (61:60 вкупен резултат). Во финалето е сепак поразен од данскиот Скјерн, Пелистер имаше дури седум гола предност од првиот меч дома (27:20), но во реваншот е поразен со убедливи 34:17.